La remontée d'eau froide à la tête du chenal Laurentien

Deux fois par jour, à la marée montante, les eaux de la couche intermédiaire froide se heurtent au fond marin à la tête du chenal Laurentien. Ces eaux froides et salées remontent vers la surface. Une partie de ces eaux franchit le seuil au large de Tadoussac et s'infiltre dans le fjord du Saguenay et l'estuaire moyen. Le vent provoque aussi des remontées d'eau froide près des côtes. Le vent pousse l'eau de surface loin de la rive, ce qui force l'eau froide à remontrer pour remplacer l'eau de surface. Cette remontée d'eau froide augmente la productivité des eaux. Elle amène près de la surface les sels nutritifs contenus dans la couche intermédiaire froide. Ces sels servent d'engrais aux algues planctoniques qui vivent près de la surface pour capter l'énergie du soleil. 

Les différentes couches d'eau de l'estuaire 

Du printemps à l'automne, trois couches d'eau différentes se superposent dans le chenal Laurentien : 

La couche de surface : eaux moins salées, plus chaudes et diluées par l'eau douce. La faible salinité et la température plus élevée rendent ces eaux plus légères. 

La couche intermédiaire froide : eaux salées et très froides,  qui ont été refroidies durant l'hiver précédent, par les glaces et au contact avec l'air froid. 

La couche profonde : eaux salées et froides provenant de l'océan Atlantique. Elles mettent de 3 à 4 ans pour remonter jusqu'à la tête du chenal Laurentien. À cause de leur forte teneur en sel, ces eaux sont plus denses et lourdes. 

Durant l'hiver, il n'y a que deux couches d'eau : une en profondeur et une en surface. Comme les lacs et les rivières en amont sont en partie gelés, le débit d'eau douce est plus faible. Ainsi la couche de surface reçoit moins d'eau douce. Elle refroidit au contact de l'air et se mélange à la couche intermédiaire jusqu'à une profondeur de 100 m. Au printemps, l'eau douce revient dans l'estuaire et la couche de surface se réchauffe. Cette couche d'eau douce coule en surface, passant par-dessus la couche intermédiaire froide.